Am 17. Mai 1965 wurde unter dem Rektorat von Rudolf Schoen die MHH offiziell eingeweiht. Er war bereits 1961 Vorsitzender des Gründungsausschusses einer Medizinischen Akademie in Hannover. Nach seiner Emeritierung von dem Lehrstuhl für Innere Medizin der Universität Göttingen wurde er zum Gründungsrektor der MHH ernannt.

Rudolf Schoen ist 1882 in Kaiserslautern geboren und studierte das Fach Medizin in Straßburg und München. Sein akademischer Weg führte ihn über Königsberg, Würzburg nach Leipzig, bevor er 1939 als Nachfolger von Hermann Straub den Lehrstuhl für Innere Medizin in Göttingen übernahm.
Neben dem Forschungsschwerpunkt der Pathophysiologie der Atmung zählt er zu den „Wegbereitern der Rheumatologie“ (F. Hartmann). Viele seiner konzeptionellen Ideen zu einer Reformuniversität in der Medizin sind gemeinsam mit F. Hartmann entwickelt worden. Aufgrund seiner besonderen Leistungen für die MHH wurde ihm am 17. Mai 1968 die Ehrendoktorwürde verliehen. Prof. Rudolf Schoen verstarb am 11. März 1979 in Göttingen.

Mit Erlass vom 6. März 1967 wurde Fritz Hartmann zum ersten ordentlichen Rektor der MHH gewählt.

Geboren 1920 in Oberhausen,NRW, begann er noch während des II. Weltkriegs Medizin zu studieren, das allerdings durch den Einzug zum Militär unterbrochen wurde. Nach Abschluss seines Studiums promovierte er bei Rudolf Schoen an der Göttinger Universität und habilitierte dort 1950. 1956 wurde er auf den Lehrstuhl für Innere Medizin an die Marburger Universität berufen. Bereits 1961 wurde er Mitglied des Gründungsausschusses für eine Medizinische Akademie in Hannover und 1965 erfolgte der Ruf auf den Lehrstuhl für Innere Medizin an der neu gegründeten MHH.

Im Schwerpunkt seiner wissenschaftlichen und ärztlichen Tätigkeit stand die Rheumatologie. In der Patientenversorgung konnte er durch die Gründung eines Kompetenznetzes eine vorbildliche Versorgung für diese Patienten in Niedersachsen aufbauen. Von bleibender Bedeutung für diese Hochschule wird sein, dass er die MHH als moderne medizinische Forschungs- und Lehrstätte konzipiert und für deren Umsetzung sich unermüdlich auch nach seiner Emeritierung 1988 eingesetzt hat.

Neben seiner Tätigkeit als Arzt, Forscher und Lehrer an "seiner Reformuniversität" hat er sich kontinuierlich für die Erforschung der historischen und philosophischen Grundlagen der Medizin eingesetzt. Am 10. Februar 2007 verstarb Prof. Fritz Hartmann in Hannover.

Mit Erlass vom 2. April 1968 ist Hans-Stephan Stender, Ordinarius für Klinische Radiologie zum Rektor ernannt worden.

1920 geboren, studierte er in Marburg, Leipzig und Gießen Medizin und spezialisierte sich auf dem Gebiet der Radiologie. 1949 wurde er zum Leiter der Röntgenabteilung an der Poliklinik Universität Gießen ernannt und er setzte seine wissenschaftliche Laufbahn an der Medizinischen Fakultät Marburg fort. Nach der Habilitation (1957) und der Ernennung zum apl. Professor (1963) wurde er zum 1. April 1965 an die MHH berufen und leitete im Oststadtkrankenhaus das Institut für Klinische Radiologie.

Neben seiner akademischen Tätigkeit galt sein besonderes Interesse der Fort- und Weiterbildung der Ärzte, wofür er sich als Vorsitzender der Akademie für ärztliche Fortbildung auf Landes- und auf Bundesebene jahrzehntelang einsetzte. Für dieses Engagement wurde Prof. Stender mehrfach geehrt. Ebenfalls setzte er sich für die Qualitätssicherung der Radiologie ein, die in der Novellierung der Röntgenverordnung 1987 Eingang fand. Prof. Hans-Stephan Stender starb am 10. Juli 2007 in Marburg.

Mit dem WS 1971/72 wurde Heinz Hundeshagen das erste Mal Rektor der MHH, ein Amt für das er im Laufe seiner akademischen Laufbahn an der MHH sechsmal gewählt wurde. Für mehr als 14 Jahre leitete und gestaltete er als Rektor die MHH, die vor allem mit dem Ausbau und der Konsolidierung der Hochschule als universitäre Einrichtung verbunden war. 

1928 in Bad Langensalza geboren, erwarb er einen Gesellenbrief als Schreiner, bevor er zum WS 1949/50 in Marburg Mathematik und Physik zu studieren begann und ab 1952/53 auch Medizin. Seine Ausbildung in der Strahlenbiologie und Isotopenforschung erhielt er bei Prof. Graul an der Marburger Universität, bei dem er auch 1960 habilitierte. Zum WS 1965/66 wechselte er von Marburg nach Hannover, wo er mit dem Aufbau einer Forschungsabteilung für Nuklearmedizin und spezielle Biophysik an der MHH betraut wurde. 1968 wurde Heinz Hundeshagen zum ordentlichen Professor für Nuklearmedizin an ernannt, womit die MHH eine Vorreiterrolle in dieser neuen medizinischen Forschungsrichtung einnahm. Von der Deutschen Forschungsgemeinschaft wurde z. B.  1967 der SFB „Zur nuklearmedizinischen Diagnostik mittels eines Forschungsreaktors“ an der MHH bewilligt. Prof. Heinz Hundeshagen emeritierte zum 31. März 1997.

Er ist am 30. Oktober 2017 im Alter von 89 Jahren gestorben.

Zum 1. April 1973 wurde Helmut Fabel als 5. Rektor der MHH gewählt.

1934 in Krofdorf bei Wetzlar geboren, studierte er Medizin in Marburg und wurde nach seiner Promotion Mitarbeiter an der Marburger Poliklinik für Innere Medizin bei Prof. Fritz Hartmann. Diese enge Zusammenarbeit mit Prof. Hartmann führte dazu, dass H. Fabel 1965 an die MHH wechselte, um das Lungenfunktionslaboratorium am Oststadtkrankenhaus aufzubauen und zu leiten. Auf diesem Spezialgebiet der Pulmonologie habilitierte sich H. Fabel 1967 im Fach Innere Medizin und übernahm dann 1971 das Ordinariat der Abteilung für Pneumonologie am Oststadtkrankenhaus bis zu seiner Emeritierung 2002.In enger Zusammenarbeit mit der Transplantationschirurgie entstanden die theoretischen und klinischen Forschungen, die für die Lungentransplantation als auch für die Behandlung der chronischen Lungenfibrose von grundlegender Bedeutung waren.
Prof. Fabel engagierte sich für die Vertretung dieses Faches auf nationaler Ebene und war 1994 einer der Mitbegründer der Deutschen Lungenstiftung.

Zum 1. April 1977 wurde zum ersten und einzigen Mal an der MHH und zum dritten Mal bundesweit eine Wissenschaftlerin zur Rektorin gewählt.

1924 in Freiburg geboren, begann sie 1943 ihr Medizinstudium, welches durch ihre Tätigkeit als Schwester im Kriegslazarett unterbrochen wurde. Nach dem Krieg studierte sie neben Medizin auch Chemie und promovierte 1950 in Düsseldorf. Von Mainz über Kassel ging sie nach Marburg an die Medizinische Poliklinik. 1965 kam Ellen Schmidt nach Hannover, als ihr Ehemann Friedrich-Werner Schmidt zum Professor für Gastroenterologie an der MHH berufen worden war.Im Mittelpunkt ihrer gemeinsamen Forschungen standen die Fragen der Enzymspezifität einzelner Organe, speziell der Leber, sodass ihr die Hochschuldozentur für experimentelle Hepatologie 1974 übertragen wurde. Das Forscherehepaar Schmidt gehörte damit mit zu den Begründern der klinischen Enzymforschung und der Entwicklung von Modellen zur Bestimmung von Enzymwerten im Blutserum. Ellen Schmidt wurde 1967 an der MHH habilitiert und 1971 zur apl. Professorin ernannt. Ab 1974 leitete sie das Forschungslabor der Abteilung Gastroenterologie. Zum 31. März 1991 ging Prof. Ellen Schmidt in den Ruhestand. Frau Professorin Dr. Ellen Schmidt verstarb am 24. August 2012 im Alter von 88 Jahren.

Vom Konzil der MHH wurde Prof. Klaus Alexander, Leiter der Abteilung für Angiologie, sowohl zum 1. April 1985 als auch zum 1. April 1987 zum Rektor der MHH gewählt.

1932 in Mannheim geboren, spezialisierte er sich nach einem Medizinstudium in Freiburg, München und Heidelberg anfänglich in der Pharmakologie. Seine Arbeiten zur Pathophysiologie der Gefäßerkrankungen, speziell der Diabetes, hat er vor allem an der Medizinischen Poliklinik in Marburg  durchgeführt, wohin er 1963 wechselte und 1968 für das Fach Innere Medizin mit dem Schwerpunkt  Angiologie habilitierte. Neben seinen angiologischen Forschungen wurde ein weiterer Schwerpunkt seiner klinischen Arbeit die rheumatischen Erkrankungen. 1965 wechselte Prof. Alexander an die MHH. Von 1975 leitete er bis zu seiner Pensionierung 1997 die Klinik für Angiologie am Zentrum Innere Medizin.

Er ist am 28. Dezember 2019 im Alter von 87 Jahren gestorben.

Am 1. April 1993 wurde das Amt des Rektors an den 1943 in Posen geborenen Professor für Funktionelle Anatomie Reinhard Pabst übergeben. Damit wurde das erste Mal ein Rektor gewählt, der sein Studium der Medizin zum SoSe 1965 an der gerade neu gegründeten MHH begonnen hat und sich bereits neben seinem Studium als Studentenvertreter im Senat engagierte.

Nach Studienaufenthalten in Glasgow und Promotion an der MHH wechselte er an die Universität Ulm. Dort habilitierte er 1976 und kehrte im gleichen Jahr an die MHH als Oberassistent zurück. Zum WS 1981/82 wurde er zum Leiter der Abteilung für Topographische Anatomie und Biomechanik ernannt und übernahm ab WS 1992/93 die Abteilung für Funktionelle Anatomie. In seinen Funktionen sowohl als Prorektor für Lehre als auch für Forschung hat er vielfältigen Einfluss auf die Gestaltung der MHH genommen. Seine neuen Lehrkonzepte haben bundesweit Beachtung gefunden. Eine enge Vernetzung von theoretischer und klinischer Medizin ist von ihm in Forschung und Lehre stets verfolgt worden. So hat er in Zusammenarbeit der unterschiedlichen klinischen und klinisch-theoretischen Zentren der MHH u. a. mitgearbeitet am SFB 587 „Immunreaktionen der Lunge bei Infektion und Allergie"; SFB 566 "Zytokin-Rezeptoren und Zytokin-abhängige Signalwege als therapeutische Zielstrukturen" und SFB 621 "Pathobiologie der intestinalen Mukosa". Zum 31. März 2009 ging Prof. R. Pabst in den Ruhestand.

Prof. K.-M. Koch wurde vom Konzil der MHH zum 1. April 1997 zum Rektor der MHH gewählt.

1934 in Eschwege, Werra-Meißner-Kreis, geboren, studierte er Medizin in Göttingen, Würzburg und Frankfurt am Main. Seine Spezialisierung zum klinischen Forscher im Bereich der Nephrologie erwarb er sich sowohl am Max-Planck-Institut in Göttingen bei Prof. Ochwadt als auch am New York University Hospital bei Prof. Bank. Ab 1968 lehrte und forschte er wieder an der Universität Frankfurt, wo er sich u. a. auf dem Gebiet der Pathogenese renaler Anämien und der Niereninsuffizienzen spezialisierte. 1971 habilitierte er und wurde ein Jahr später zum Professor ernannt. An die MHH auf den Lehrstuhl für Nephrologie wurde K.-M. Koch 1982 berufen. Von 1989 bis 1993 war Prof. Koch außerdem Ärztlicher Direktor der MHH. Im Rahmen der Planung der zukünftigen Entwicklung der MHH war er Mitglied der "Strukturkommission 2000“. Zum 31. März 1999 wurde Prof. Koch pensioniert.

In der Umbruchphase der MHH von der sogenannten Experimentierklausel (§ 90, 2 NHG) hin zum neuen Niedersächsischen Hochschulgesetz von 2002 übernahm zum 1. April 1999 Prof. Horst von der Hardt das Amt des Rektors.

Horst von der Hardt wurde 1940 in Greifswald geboren, studierte in Freiburg, Heidelberg und Tübingen Medizin und promovierte 1969 an der Universität Heidelberg. Seine akademische Laufbahn begann im gleichen Jahr an der MHH als wissenschaftlicher Assistent am Pathologischen Institut bei Prof. Georgii. 1975 habilitierte er im Fach Kinderheilkunde und wurde ein Jahr später zum außerplanmäßigen Professor ernannt.

Seit 1976 war H. von der Hardt Oberarzt an der MHH-Abteilung Kinderheilkunde - Pädiatrische Pneumologie und Neonatologie, zu derem Direktor er 1981 berufen wurde. Unter seiner Leitung entstand ein überregionales Mukoviszidose-Zentrum, welches im Februar 2005 mit dem Christiane-Herzog-Preis ausgezeichnet wurde. Professor von der Hardt war von 1993 bis 1999 Prorektor für Forschung, wissenschaftlichen Nachwuchs und Weiterbildung, bevor er für fünf Jahre das Amt des Rektors/Präsidenten der MHH übernahm. Am 31. März 2005 ging er in den Ruhestand.

Prof. Dr. Dieter Bitter-Suermann wurde vom Senat auf Vorschlag einer Findungskommission unter Beteiligung des Hochschulrates gewählt und dem Ministerium für Wissenschaft und Kultur zur Besetzung zum 1. April 2004 vorgeschlagen.

Dieter Bitter-Suermann wurde 1937 in Berlin geboren, studierte in Würzburg, Wien und Göttingen Medizin, legte 1965 an der Universität Göttingen sein Staatsexamen ab und promovierte hier zwei Jahre später. 1967 begann er seine mikrobiologische und wissenschaftliche Ausbildung im Institut für Medizinische Mikrobiologie der Universität Mainz. Er habilitierte sich 1972 mit einer Arbeit über das Komplement-System. 1976 wurde er Oberarzt des mikrobiologischen Instituts in Mainz. 1987 folgte der Ruf auf die C4-Professur für Medizinische Mikrobiologie an der MHH.

Dieter Bitter-Suermann hat die MHH nicht nur als Abteilungsdirektor der Medizinischen Mikrobiologie geprägt, sondern auch als Ärztlicher Direktor der Hochschule von 1993 bis 1997 sowie als Sprecher und Mitglied mehrerer Sonderforschungsbereiche. Im März 2003 ging er zunächst in den Ruhestand, blieb der MHH aber als Mitglied des Hochschulrates verbunden bis zur Neuwahl zum Präsidenten ab dem 1. April 2004. Während der Amtszeit von Herrn Bitter-Suermann entwickelte sich die MHH zur forschungsstärksten hochschulmedizinischen Einrichtung Deutschlands. Die ausgegebenen Drittmittel für die Forschung sind während seiner Amtszeit von 45 Mio. EUR in 2004 auf 92 Mio. EUR in 2012 angewachsen. Weitere Belege für exzellente Leistungen der MHH während seiner Amtszeit sind die zweimalige Förderung des Exzellenzclusters REBIRTH zu Regenerativer Medizin, die Beteiligung am Exzellenzcluster Hearing4all zur Hörforschung, das Integrierte Forschungs- und Behandlungszentrum Transplantation (IFB-Tx) sowie die Beteiligung am Deutschen Zentrum für Infektionsforschung und am Deutschen Zentrum für Lungenforschung. In der Lehre wurde der humanmedizinische Modellstudiengang HannibaL 2005 erfolgreich eingeführt und der Start für vier Studiengänge der Gesundheitsfachberufe: Pflege, Logopädie (Bachelor) und Physiotherapie/Ergotherapie sowie Hebammen (Master) genehmigt.

Von 2009 bis 2012 war er Präsident des Medizinischen Fakultätentages, der unter seiner Leitung erheblich an berufs- und gesundheitspolitischem Profil gewann. Am 31.03.2013 ging er zum zweiten Mal in den Ruhestand.

Professor Dr. Christopher Baum wurde vom Senat auf Vorschlag einer Findungskommission unter Beteiligung des Hochschulrates gewählt und dem Ministerium für Wissenschaft und Kultur zur Besetzung zum 1. April 2013 vorgeschlagen. Er war bei seinem Amtsantritt der jüngste Präsident, den die Hochschule je hatte.

Der 1962 in Marburg/Lahn geborene Christopher Baum studierte von 1982 bis 1989 Medizin in Essen, Freiburg und Hamburg. Er promovierte 1991 im Universitätsklinikum Hamburg-Eppendorf (UKE), wo er bis 1993 als Wissenschaftlicher Mitarbeiter tätig war. Von 1993 bis 1996 arbeitete er am Heinrich-Pette-Institut der Universität Hamburg in der Abteilung für Zell- und Virusgenetik. 1999 erhielt er die Habilitation im Fach Molekulare Medizin an der Universität Hamburg und war bis zum Jahr 2000 Wissenschaftlicher Mitarbeiter in der Knochenmarktransplantation des UKE. Im Jahr 2000 wechselte Professor Baum nach Hannover an die MHH und hatte bis 2005 die C3-Stiftungsprofessur für Stammzellbiologie in der Abteilung für Hämatologie, Hämostaseologie und Onkologie inne. Von Juli 2003 bis 2009 war er zusätzlich als Adjunct Associate Professor im Department of Experimental Hematology, Cincinnati Children’s Hospital Medical Center, Cincinnati, Ohio (USA) tätig. Von April 2006 bis März 2013 leitete er als W3-Professor und weltweit renommierter Forscher der Zell- und Gentherapie im blutbildenden System das Institut für Experimentelle Hämatologie der MHH. Als Forschungsdekan leitete er von 2007 bis 2013 die Forschungskommission der MHH und gehörte als beratendes Mitglied dem Senat an.

Während seiner Amtszeit gelang Professor Baum unter schwierigen Startbedingungen gemeinsam mit Senat, Hochschulrat und dem konstant hohen Engagement der Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern die wirtschaftliche Konsolidierung der Hochschule. Gleichzeitig gelang es, die führende Stellung der MHH unter den deutschen Universitätsklinika in Forschung, Lehre und Krankenversorgung zu halten. Sein besonderes Augenmerk richtete Baum auch auf die Förderung des wissenschaftlichen Nachwuchses. Er führte das Freiwillige Wissenschaftliche Jahr als neue Form des Freiwilligen Sozialen Jahrs, das Clinician‐Scientist‐Programm „Junge Akademie der MHH“ und das Weiterbildungsprogramm „TRAIN Academy“ für translationale Wissenschaften ein. Auf seinen Anstoß hin erfolgte die Neukonzeption der baulichen Masterplanung des Campus in Hannover, und bei ihm lag die Gesamtkoordination der Exzellenzkonzepte der MHH.