Das Recht der Krankenhausfinanzierung prägt die grundsätzlichen wirtschaftlichen Rahmenbedingungen, in denen sich die Krankenhäuser bewegen. Ein wesentliches Prinzip dabei ist die sogenannte duale Krankenhausfinanzierung. Dabei wird zwischen den Investitionskosten und den Betriebskosten unterschieden: Die Investitionskosten als auch ihre Förderung obliegen den Ländern, wobei insofern für die MHH als Hochschulklinik einige Besonderheiten gelten. Die laufenden Betriebskosten eines Krankenhauses werden über die Vergütungen für die erbrachten Krankenhausbehandlungen finanziert. Je nach Versichertenstatus des Patienten wird die jeweilige Behandlungsvergütung gegenüber der gesetzlichen Krankenkasse, einer privaten Krankenversicherungen oder direkt gegenüber dem Patienten abgerechnet.

Insbesondere im Bereich der Abrechnung stationärer Fallpauschalen gegenüber gesetzlichen oder privaten Kostenträgern können in vielerlei Hinsicht Differenzen zwischen dem Leistungserbringer und dem Kostenträger entstehen. Hierbei berät die Stabsstelle Recht die spezialisierten Fachabteilungen bei Bedarf in rechtlicher Hinsicht und führt die gegebenenfalls notwendigen gerichtlichen Verfahren zur Durchsetzung der Interessen der MHH durch. 

Die wichtigsten gesetzlichen Regelungen im Bereich der Krankenhausfinanzierung sind das Krankenhausfinanzierungsgesetz (KHG), das Krankenhausentgeltgesetz (KHEntgG) und das SGB V.