Ausstattung

Illumina NextSeq 550
10x Genomics Chromium Single Cell Controller
Dezentrale Sequencer
Nanodrop ND-1000 Spektralphotometer
Agilent 2100 Bioanalyzer
Agilent Hybridisierungsofen
Agilent Microarray Scanner G2565CA
ABI 7500 FAST Real-Time PCR
Covaris 220
Qubit 2.0
SpeedVac
Software

Illumina NextSeq 550

Der NextSeq 550 ermöglicht Sequenzierläufe mit einer Kapazität von bis zu 400 Millionen Einzelsequenzen (single read) oder Sequenzpaaren (paired-end read). Die Leseweite beträgt wahlweise 75 oder 150 Nukleotide.
Mit dem Gerät lassen sich viele NGS Standard-Applikationen bei kleiner bis mittlerer Projektgröße umsetzen. Näheres zu den Gerätespezifikationen finden Sie im Datenblatt der Firma Illumina.

Für Sequenzierungs-Projekte, die besser auf anderen Sequencern als auf unserem NextSeq550 umsetzbar sind, können diese Vorhaben über sogenannte „Dezentrale Sequencer“ realisiert werden. Dies sind Geräte, die von verschiedenen Arbeitsgruppen oder Instituten der MHH betrieben werden und in einem gewissen Ausmaß freie Kapazitäten aufweisen und somit über die RCUG zur Mitnutzung vermittelt werden können.

10x Genomics Chromium Single Cell Controller

Die Chromium Single Cell Gene Expression Solution bietet eine umfassende, skalierbare Lösung für die Zellcharakterisierung und das Genexpressions-Profiling von Hunderten bis Zehntausenden von Zellen.

Der kompakte, schlanke Chromium Controller kombiniert schnell und effizient große Mengen von Partitionen mit einer äußerst vielfältigen Barcode-Bibliothek, um innerhalb von Minuten mehr als 100.000 Barcode-Partitionen zu erzeugen. Mit dem Chromium Controller können Sie jede Chromium Solution vom Genom bis zur Einzelzellanalyse betreiben. Weiterführende Informationen zur Technologie finden Sie bei der Firma 10x Genomics.

Dezentrale Sequencer

Für Sequenzierungs-Projekte, die besser auf anderen Sequencern als auf unserem NextSeq550 umsetzbar sind, können diese Vorhaben über sogenannte „Dezentrale Sequencer“ realisiert werden. Dies sind Geräte, die von verschiedenen Arbeitsgruppen oder Instituten der MHH betrieben werden und in einem gewissen Ausmaß freie Kapazitäten aufweisen und somit über die RCUG zur Mitnutzung vermittelt werden können.
Mit den jeweils verantwortlichen Gerätebetreibern ist vereinbart, dass die Mitnutzung ihrer Geräte über die RCUG angefragt werden soll. Bitte stellen Sie dafür bei uns eine Projektanfrage.

Nanodrop ND-1000 Spektralphotometer

Mit dem Nanodrop können Nukleinsäuren innerhalb eines Konzentrationsbereiches von ~ 10-3000 ng/µl in einem Volumen von 1-2 µl unverdünnt quantifiziert werden. Durch eine Absorptionsmessung bei 550nm und 650nm kann außerdem die Einbaueffizienz der verwendeten Fluoreszenzfarbstoffe (Cy3 und Cy5) in der amplifizierten cRNA bestimmt werden.

Agilent 2100 Bioanalyzer

Mit dem Bioanalyzer wird die Qualität/Integrität der Gesamt-RNA bestimmt. Zusätzlich kann das Fragmentlängenprofil amplifizierter cRNA- oder cDNA-Proben analysiert werden. Ein weiteres wichtiges Anwendungsgebiet ist die Qualitätskontrolle diverser Bibliotheken (Fragmentlängenprofil) für NGS-basierte Applikationen. In der RCU Genomics werden 2 Bioanalyzer betrieben, einer im Transcriptomics- und einer im Genomics-Bereich.

Agilent Hybridisierungsofen

Im Hybridisierungsofen werden über Nacht die zu analysierenden cRNA-Populationen auf den verwendeten Microarrays hybridisiert. Insgesamt können maximal 48 Slides parallel hybridisiert werden.

Agilent Microarray Scanner G2565CA

Das Microarray-Labor ist mit einem G2565CA Scanner mit einem maximalen Auflösungsvermögen von 2 µm ausgestattet. Dieser Scanner erlaubt eine automatisierte Hochdurchsatzprozessierung von bis zu 48 Glasträger-basierten Microarray-Slides, die jeweils bis zu 1 Million Sonden enthalten können.

ABI 7500 FAST Real-Time PCR

Der Real-Time PCR Cycler ermöglicht es uns, bestimmte Aspekte erhobener Microarray-Daten zu verifizieren, bzw. zu einer „punktuellen Vertiefung“ des Informationsgehaltes beizutragen. Wir arbeiten routinemäßig mit TaqMan-basierten Assays der Firma Applied Biosystems zur Quantifizierung einzelner Transkripte oder spezifischer Splice-Varianten.

Covaris 220

Im Covaris 220 werden Nucleinsäuren durch Ultraschall in Fragmente definierter Länge (150bp - 1000 bp) geschert. Dies erfolgt sequenzunabhängig und ist eine Voraussetzung für die gleichmäßige Abdeckung der Zielsequenzen in NGS Projekten (z.B. Whole Genome, Exom, Amplicon, Metagenom, ChIP-seq). Ebenfalls kann das Gerät zum quantitativen Aufschluss von Probenmaterial (z.B. für Metagenomik) verwendet werden.

Qubit 2.0

Das Qubit- Fluorimeter ermöglicht die selektive, quantitative Bestimmung einzelner Nukleinsäurespezies (dsDNA, ssDNA, RNA). Im Gegensatz zum Nanodrop, das die Gesamtmenge der Nukleinsäuren einer Probe misst, wird hier durch spezifische, interkalierende Farbstoffe sichergestellt, dass nur die jeweils untersuchte Nukleinsäurespezies fluoresziert (die Signalstärken der anderen Spezies sind bis zu 1000x geringer). Der Quotient der gemessenen Konzentrationen von Qubit und Nanodrop ist ein Maß für die Reinheit und Integrität der Nucleinsäuren in einer Probe.

SpeedVac

Oft liegt das Probenmaterial nach Aufreinigungen in sehr geringen Konzentrationen vor (z.B. nach ChIP-Anreicherungen, small RNA). In einem Vakuumkonzentrator können Volumina ohne starke Erwärmung in kurzer Zeit schonend reduziert werden, so dass auch dieses Material aufgearbeitet werden kann.

Software

Unsere kommerzielle Softwareausstattung umfasst derzeit:

• Feature Extraction (Agilent Technologies)
• ImaGene (BioDiscovery Inc.)
• GeneSpring (Agilent Technologies)
• Omics Explorer (Qlucore)
• StrandNGS (Avadis)
• IPA (Qiagen)
• SigmaPlot (Systat Software, Inc.)

Um unsere Analyse-Möglichkeiten zu optimieren entwickeln wir auch eigene Tools unter Verwendung von:

• Microsoft Excel (Visual Basic)
• R und Bioconductor
• Eclipse (Java)