Aktuelles

April 2022
Stellenangebot: Bioinformatician / Data scientist (f/d/m)
Weitere Informationen

April 2022
Modulare Workflows zur Zellannotation und Pseudotime-Analyse von scRNA Seq Daten
Wir haben ein erstes Set verschiedener, modularer Workflows für eine vertiefe Analyse von scRNA Seq Daten entwickelt, die mit dem ‚scrnaseq‘ Workflow prozessiert wurden. Alle Skripte verwenden die Ausgabe von ‚scrnaseq‘ als Input und führen darauf aufbauend zusätzliche Analysen wie eine Zellannotation mit Referenzdatensätzen oder eine Pseudotime Analyse mittels Monocle3 durch. Die Ergebnisse werden in einem HTML-Report übersichtlich zusammengefasst.
Beispielreport – Zellenannotation
Beispielreport – Pseudotime

März 2022
Unsere ‚Wochenende‘ Pipeline stellt sich vor.
Die Methodik und die Ergebnisse von ‚Wochenende‘ sind nun online als Preprint veröffentlicht:
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.03.18.484377v1.full.pdf.

‚Wochenende‘ ist eine Alignement Pipeline für Daten aus Genom- und Metagenomsequenzierungen.  Die Pipeline ist nutzbar für die Prozessierung von Daten aus Sequenzierungen von kurzen (z.B. Illumina) wie auch langen (z.B. Oxford Nanopore) Reads und bietet diverse Wahlmöglichkeiten für die Qualitätskontrolle, das Trimming, Mapping, Filtern und die Normalisierung der Daten. Die Pipeline sowie weitere Informationen sind über Github verfügbar https://github.com/MHH-RCUG/Wochenende.

Für die Metagenomanalyse enthält die ‚Wochenende‘ Pipeline darüber hinaus weitere Module für eine neuentwickelte Normalisierungsstrategie, welche die Berechnung absoluter Häufigkeiten (Keime pro humaner Zelle) ermöglicht, sowie die Integration und Visualisierung der Ergebnisse von multiplen Proben erlaubt.

Januar 2022
Die Vorabversion von ‚scrnaseq‘ wurde von der RCUG implementiert
Die Analyse von Single-cell RNA Sequenzierungsdaten (scRNA-seq) ist eine wichtige, aber anspruchsvolle Aufgabe für Laien mit begrenzten Kenntnissen der Bioinformatik. Um unsere Nutzer zu unterstützen, haben wir 'scrnaseq', einen Workflow für die bioinformatische Analyse von scRNA-Daten bei uns implementiert. 'scrnaseq' wurde von dem Dresden-concept Genome Center (TU Dresden) (https://genomecenter.tu-dresden.de) in enger Zusammenarbeit mit uns entwickelt, basiert auf Seurat und führt alle wesentlichen Schritte der scRNA-seq Qualitätskontrolle, Datenprozessierung, einschließlich Filterung, Normalisierung und Skalierung, sowie die Datenanalyse, einschließlich Clustering, differenzieller Genexpressionsanalyse und Gene Enrichment Analyse, durch.

Der Workflow generiert einen Report im HTML-Format und enthält diverse Visualisierungen, Tabellen, sowie eine umfangreiche Dokumentation. Das zugrundeliegende Skript wird derzeit in Zusammenarbeit zwischen dem Dresden-concept Genome Center (TU Dresden) und der RCUG weiter überarbeitet. Sprechen Sie uns gerne an, wenn dieser Ansatz für Sie von Interesse ist. Die erste stabile Version kommt bald.
Beispielreport

Januar 2021
Umfrage zur Zufriedenheit mit den Leistungen der RCU Genomics in 2020
Zur Abstimmung wurden die 133 Arbeitsgruppen gebeten, für die die RCU Genomics im Jahr 2020 Anfragen bearbeitet hat. 109 AGs (82%) haben an der Umfrage teilgenommen, 107 dieser AGs (98%) beurteilen die Leistungen der RCUG als gut oder sehr gut.
Umfrageergebnisse

November 2020
Stellenangebot: Experienced specialist in Next Generation Sequencing data analysis (f/d/m)
Weitere Informationen

Juli 2019
RCU Genomics in der MHH-Info Juli/August 2019
In dieser Ausgabe der MHH-Info wird über die neue Technik der Einzelzell-RNA-Sequenzierung berichtet.
Jede Zelle zählt

März 2019
147 Arbeitsgruppen der MHH haben bislang Leistungen der RCU Genomics oder der Vorgängereinrichtungen genutzt
Seit Bestehen des Microarray-Labors an der MHH (im Jahre 2001) haben insgesamt 147 Arbeitsgruppen aus 50 Abteilungen die Leistungen der RCU Genomics oder der Vorgänger-Einrichtungen in Anspruch genommen.
Übersichtsliste bisheriger Nutzer (Intranet)

März 2019
Etablierung von Single-cell RNA-Sequenzierung
Gemeinsamer Betrieb eines Chromium™ Single Cell Controllers der Firma 10x Genomics durch die Zentralen Forschungseinrichtungen Zellsortierung und Genomics.

Oktober 2018
Bewilligung des Omics-Wahlmodulantrages
Im Rahmen des Förderprogramms „Qualität plus – Programm zur Entwicklung des Studiums von morgen" des Niedersächsischen Ministeriums für Wissenschaft und Kultur, wurde der folgende Projektantrag bewilligt: Biostatistik im Zeitalter von Omics-Techniken und BigData - Etablierung eines Wahlpflichtmoduls für die Masterstudiengänge Biochemie und Biomedizin zum Erlernen der korrekten wissenschaftlichen Auswertung und Bewertung von Omics-Experimenten mit großen Datenmengen.
Am Antrag waren neben der RCU Genomics die RCUs Proteomics und Metabolomics, das Institut für Klinische Biochemie (Glycomics), die Biometrie und die verantwortlichen Koordinatoren der beiden Studiengänge beteiligt. Das neue Modul wird in Zusammenarbeit dieser Partner entwickelt und den Studierenden erstmals im Frühjahr 2019 angeboten.

September 2018
Neue Teilnehmer am Freiwilligen Wissenschaftlichen Jahr in der RCUG
Zwei neue Teilnehmerinnnen am Freiwilligen Wissenschaftlichen Jahr (FWJ) werden im kommenden Jahr Erfahrungen bei uns in der RCUG sammeln werden.

November 2017
RCU Genomics in der MHH-Info November/Dezember 2017
In dieser Ausgabe der MHH-Info wird über unsere Zentrale Forschungseinrichtung berichtet, unser Team, unser Angebot, unser Organisationskonzept und unsere Bestrebungen zum Aufbau eines Hochleistungs-Rechenclusters an der MHH in Zusammenarbeit mit dem ZIMt.
Genomics klärt zentrale Fragen

Außerdem wird über Teilnehmer am Freiwilligen Wissenschaftlichen Jahr (FWJ) an der MHH berichtet. MHH-Info hat u.a. mit zwei FWJlern gesprochen, die ihre Erfahrungen bei uns in der RCUG sammeln werden.
So viele wie noch nie: FWJ

Oktober 2017
139 Arbeitsgruppen der MHH haben bislang Leistungen der RCU Genomics oder der Vorgängereinrichtungen genutzt
Seit Bestehen des Microarray-Labors an der MHH (im Jahre 2001) haben insgesamt 139 Arbeitsgruppen aus 47 Abteilungen die Leistungen der RCU Genomics oder der Vorgänger-Einrichtungen in Anspruch genommen.

Juli 2017
Inbetriebnahme des NextSeq550 Sequencers
Der NextSeq550 wird in Betrieb genommen.

Juni 2017
Evaluierung von Betriebsstrukturen der MHH Core Units
Eine umfangreiche Evaluierung zur Betriebs- und Organisationskonzeption der MHH Core Units wird durchgeführt.
Ausführliche Beantwortung des Fragenkatalogs für die RCU Genomics (Intranet)

Juni 2017
Positiver Bescheid der DFG zum eingereichten Großgeräteantrag
DFG und MWK genehmigen die beantragte Anschaffung eines NextSeq550-Sequencers, sowie leistungsstarker Rechen- und Speichermodule für den im Aufbau befindlichen High Performance Computing (HPC-) Cluster.
Weitere Informationen

April 2017
Einreichung des final überarbeiteten Großgeräteantrags an die DFG
Unter federführender Koordination durch Prof. Thomas Illig und Dr. Oliver Dittrich-Breiholz, sowie in enger Zusammenarbeit von RCUG-Lenkungsgruppe und Institut für Humangenetik ist der - bereits im Februar 2016 erstmalig eingereichte - Großgeräteantrag in final überarbeiteter Fassung an die DFG versendet worden.
Begleitschreiben (Intranet)

Januar 2017
Gründung der RCU Genomics
Fusion von RCU Transcriptomics und RCU NGS zur RCU Genomics
Seit Beginn des Jahres 2017 steht Ihnen für Planung und Durchführung moderner Hochdurchsatzverfahren zur Nukleinsäureanalytik (qualitativ und quantitativ) die neu formierte Zentrale Forschungseinrichtung Genomics (Research Core Unit Genomics, RCUG) zur Verfügung.

Dezember 2016
111 Arbeitsgruppen der MHH haben bis Ende 2016 Leistungen der RCU Transcriptomics genutzt
Seit Bestehen des Microarray-Labors an der MHH haben insgesamt 111 Arbeitsgruppen aus 46 Abteilungen die Leistungen der Transcriptomics-Abteilung in Anspruch genommen.

Juni 2016
Einreichung des Antrags auf eine Lichtenberg W2 Stiftungsprofessur im Bereich "Klinische Bioinformatik"
Am 1. Juni 2016 wurde vom ausgewählten Bewerber ein in Zusammenarbeit mit der RCU NGS und der MHH ausgearbeiteter Antrag: 'An interdisciplinary approach to develop cutting edge Bioinformatics for comprehensive NGS data analysis in Biomedical Research' bei der Volkswagenstiftung eingereicht.

Mai 2016
Erstes TRAINomics-Treffen
Am 9. Mai 2016 trafen sich erstmalig Expertinnen und Experten für 'Omics-basierte Technologien' der Region Hannover-Braunschweig zu einer Bestandsaufnahme und Diskussion eines ersten TRAINomics-Grundkonzeptes. Ziel der TRAINomics-Initiative ist die Ausarbeitung eines tragfähigen Konzeptes zum sukzessiven Ausbau von Omics-Technologien innerhalb der Region Hannover-Braunschweig. Durch die koordinierte Zusammenarbeit sollen Verfügbarkeit und Effizienz von Omics-Technologien in der Region gesteigert werden, indem bereit stehende (oder noch zu schaffende) Ressourcen in kooperativer und komplementärer Weise genutzt und zukünftig in maximal effizienter Weise weiter ausgebaut werden

Mail Protokoll 1. TRAINomics-Treffen
TRAINomics-Treffen 9. Mai 2016 Protokoll
Vorträge TRAINomics-Treffen
Eckpfeiler des TRAINomics-Konzeptes
TRAINomics-Struktur

Februar 2016
Einreichung des Großgeräteantrags für einen HiSeq4000 der Firma Illumina
Am 9. Februar 2016 wurde der Großgeräteantrag zur Anschaffung eines HiSeq4000 der Firma Illumina an das MWK versendet.

Januar 2016
RNA-Sequencing Services ergänzen das Portfolio der RCU Transcriptomics
Seit Anfang 2016 bietet die RCU Transcriptomics neben Microarray-basierten Verfahren auch verschiedene RNA-Sequencing Services an.

Oktober 2015
Kandidatensuche zur Bewerbung auf Lichtenberg W2 Stiftungsprofessur im Bereich "sequenzbasierte Bioinformatik"
In enger Anbindung an die Zentrale Forschungseinrichtung NGS soll an der MHH die sequenzbasierte Bioinformatik gestärkt werden. Hierfür suchen wir aussichtsreiche Kandidaten/innen zur Bewerbung auf eine Lichtenberg W2 Professur der Volkswagen-Stiftung.

Wir bitten Sie, die nachfolgend verlinkte Ausschreibung innerhalb Ihres Bereiches bekannt zu machen und sehr gerne auch an Ihre nationalen und internationalen Kooperationspartner weiter zu leiten.
Ausschreibung der Lichtenberg W2 Stiftungsprofessur

Juli 2015
Ausrichtung von NGS-Datenauswertekursen durch die RCU-NGS
Im Rahmen der Neugründung der RCU-NGS soll auch eine Stärkung der Bioinformatik erfolgen. Hierzu werden ab sofort regelmäßige, 3-tägige Kurse angeboten,  in denen die zur Auswertung von NGS-Daten notwendigen Grundkenntnisse vermittelt sowie gegenseitig ausgetauscht und vertieft werden sollen.

Bei Interesse an einer Kursteilnahme, bitten wir Sie, uns über das Anfrageformular einige Informationen zum konkreten Bedarf in Ihrer Arbeitsgruppe zukommen zu lassen.

Sobald wir zu dem von Ihnen genannten Themengebiet freie Kursplätze anbieten können, werden wir uns mit Ihnen in Verbindung setzen.

Wir bitten um Verständnis, dass wir in der Regel und bis auf weiteres nur für je eine/n Teilnehmer/in pro AG einen Kursplatz anbieten können.

März 2015
Einrichtung einer Zentralen Forschungseinrichtung Next Generation Sequencing an der MHH
wir freuen uns, Sie über die Einrichtung einer Zentralen Forschungseinrichtung Next Generation Sequencing an der MHH informieren zu können.
Um Ihnen unsere Initiative im Detail vorzustellen, laden wir Sie herzlich zu einer Informationsveranstaltung ein:

Ort: Hörsaal G (Gebäude I1-H0-1130)
Zeit: Freitag 20. März 2015, 15:00-16:30 Uhr

Februar 2015
90 Arbeitsgruppen der MHH haben bislang RCUT-Leistungen genutzt

Oktober 2014
86 Arbeitsgruppen der MHH haben bislang RCUT-Leistungen genutzt

Juni 2014
Erstes offizielles Release der Analyse-Software RCUTAS
Die innerhalb von RCUT entwickelte Software RCUTAS dient der routinemäßigen Datenübergabe an die Nutzer und besitzt umfangreiche Auswerte- und Visualisierungsoptionen. Neben den eigentlichen Messwerten können Zusatzinformationen (z.B. Annotationen, Qualitätsparameter, …) visualisiert werden. Verhältniswerte von zu vergleichenden Proben (Ratios) können flexibel berechnet, formatiert und angeordnet werden. Weiterhin lassen sich komplexe Filterungen anhand selbst festgelegter Schwellenwerte durchführen und die Ergebnisse als farbkodierte Heatmaps exportieren.
Weitere Informationen können dem Forschungsbericht 2013 entnommen werden.

Juni 2014
80 Arbeitsgruppen der MHH haben bislang RCUT-Leistungen genutzt

Juni 2014
Aktualisierte Nutzungsbedingungen
Bitte beachten Sie die ab 01.06.2014 gültigen aktualisierten Nutzungsbedingungen und Preise von RCUT.

Oktober 2013
QuintQuad Microarrays entwickelt
RCUT bietet ab sofort mRNA-Expressionsanalysen auf sogenannten „QuintQuad-Microarrays“ an. Diese Microarrays stellen eine Weiterentwicklung auf der Basis der Katalog-Microarrays von Agilent Technologies dar und weisen eine erhöhte quantitative Messgenauigkeit auf.
Weitere Informationen.

Oktober 2013
Buchung von Datenanalyse-Software
Über die Zentrale Forschungseinrichtung Transcriptomics können ab sofort Datenanalyse-Zeiten für die Programme Qlucore Omics Explorer, GeneSpring GX und Ingenuity Pathway Analysis per Outlook gebucht und genutzt werden. Für nähere Informationen zu Preisen, Installation, Buchung und Nutzung kontaktieren Sie uns bitte unter:
rcu.genomics@mh-hannover.de.