Die Zentrale Forschungseinrichtung Proteomics

Core Facility Proteomics

Das Proteomics-Labor ist für die Durchführung von MS-basierter Proteomik mit DDA- und DIA-Methoden und gezielter Proteinanalyse (Mass Western) ausgestattet.

Kontakt

Prof. Dr. Andreas Pich

Tel.: 0511-532-2808

Karsten Heidrich

Ulrike Schrameck

Lea Flemming

Johanna Sophie Libnow

Jule Hupfeld

Tel.: 0511-532-5614

Tel.: 0511-532-174256

Equipment

Orbitrap Fusion Lumos (Thermo Fisher Scientific)

Orbitrap Exploris 240 (Thermo Fisher Scientific)

LTQ Orbitrap Velos (Thermo Fisher Scientific)

7500 QTRAP (Sciex)

5800 MALDI TOF/TOF (Sciex)

4 nanoLC-Systems

Agilent 1100 LC

Für die MS-Datenanalyse stehen Multicore-PCs und Software wie MaxQuant, Spectronaut, Proteome Discoverer, SciexOS und Skyline zur Verfügung.

Softwaretools wie Perseus, Ingenuity Pathway Analysis können für bioinformatische Analysen verwendet werden. Wir sind mit R-Software und Internetplattformen wie PantherDB, GSEA u.ä. vertraut.

Kooperationen und Dienstleistungen

Das MS-Labor ist offen für Kooperationen und bietet folgende Dienstleistungen an:

• Protein- und Proteomanalyse
• Phosphoproteomik
• Analyse posttranslationaler Modifikationen
• Gezielte Proteinanalyse (Mass Western)
• Beratung zur Proteom- und Proteinanalyse und zum experimentellen Design von MS-Experimenten

Anleitung zur Proteinidentifizierung

• Proteinproben aus nahezu allen Quellen können analysiert werden. Zur ordnungsgemäßen Identifizierung eignen sich Datenbanken wie z.B. Uniprot.
• Proteine sollten in einem geeigneten Puffer vorbereitet oder können nach der SDS-PAGE leicht analysiert werden. Bitte beachten Sie, dass Cysteinreste vor der Analyse alkyliert werden müssen. Methoden zur Alkylierung sind im MS-Labor erhältlich.